Jutsus Amegakure

Amegakure !

Nagato possui um Jutsu secreto, conhecido como Rikudo no Kuuin que faz ressuscitar shinobis mortos, porem eles são modificados e podem utilizar o tipo de Jutsu que quiserem, mas só esse (ex:invocação), todos eles são controlados por Nagato e se intitulam "Pein". Conseguiu também criar um Jutsu, o Shouten no Jutsu que faz clones de qualquer pessoa, recorrendo ao seu chakra, e assim o clone pode usar os Jutsus dos originais. Esse Jutsu já foi utilizado em prol da Akatsuki.
Nagato também se fez supor que tenha o poder da "Pré-clarividência" (capacidade de prever o futuro). Os Pein que ele controla também possuem um Rinnegan e compartilham a mesma visão, podendo assim ver o alvo de um ângulo diferente (mais o menos no ângulo de 360° juntos). Possuí o Rinnengan, no qual ele pode usar qualquer Ninjutsu que bem entender, ele pode usar qualquer jutsus que ele puder enxergar (ver), porém a alguns que ele não consegue aprender pois exige algo a mais que só a visão. Nagato também possui um Jutsu tão forte que é capaz de arrasar uma vila inteira de uma só vez, como é mostrado no capítulo 429, ao arrasar Konoha inteira com o Shinra Tensei com máxima potência. Este Jutsu faz com que os Pein encurtem suas esperanças de vida, como anunciado por Konan. No mangá 436, Nagato finalmente se revelou, mostrando que tem uma espécie de junção a uma maquina que possui imensos piercings cravados em suas costas para que ele possa transmitir seu chakra entre os seis corpos. Além disso, também tem uma habilidade que segundo Konan, quando Nagato esta próximo aos seus oponentes consegue controla-los apenas com seu chakra, isso somente se perfurar seu inimigo com suas estacas negras.Ele revelou a invocação proibida do Kuchiyose no Jutsu, o Kuchiyose • Gedo Mazo.

Habilidades:
Suiton No Jutsu
Suiton Teppoudama
Suiton Mizu Bunshin No Jutsu
Suiton Daibakufu No Jutsu
Doton No Jutsu
Doton Doryuudan
Doton Doryuudan
Doton Tsuchi Kairou
Doton Doryuu Heki
Katon No Jutsu
Katon Gougakyuu No Jutsu
Katon Kasumi Enbu No Jutsu
Katon Dragon No Jutsu
Raiton No Jutsu
Raiton Gian
Raiton Hi No Hagame
Raiton Kirin
Fuuton Atsuga
Fuuton Daitoppa
Fuuton Renkuudan
Fuuton Reppushou